De Nachtwacht is geschilderd voor de ‘Grootte Sael’ van de Kloveniersdoelen, het hoofdkwartier van enkele compagnieën van de schutterij. Het schilderij maakte deel uit van een ensemble samen met vijf andere schutterstukken en één regentstuk, alle voltooid tussen 1640 en 1645. Aan het einde van de zeventiende eeuw had de Kloveniersdoelen de oorspronkelijke functie als hoofdkwartier van de kloveniers verloren. Het gebouw diende vanaf toen als ontmoetingsplek en herberg voor belangrijke gasten. De grote zaal werd gebruikt voor feesten en banketten.

In 1682 besloten de Amsterdamse Burgemeesters om de schilderijen in de drie stedelijke doelens te verhuizen naar het recent voltooide Stadhuis, het huidige Paleis op de Dam. Het ontbrak aan genoeg geld om het uitgebreide decoratieprogramma van het Stadhuis te voltooien; de bestaande schutter- en regentstukken uit de doelens vormden een makkelijke en passende oplossing voor dit probleem. Het duurde nog ruim tien jaar voordat de eerste schilderijen werden verhuisd, als eerste vanuit de Voetboogdoelen. Rond deze tijd werden de schilderijen regelmatig hersteld, of ze nu nog in de doelens hingen, of al in het Stadhuis. Een naam die vaak in de stadsarchieven wordt genoemd in relatie met de herstelling van schilderijen, is die van de destillateur, schilder en taxateur Jan Rosa (ca. 1621/22?–1693), maar omdat de schilderijen nooit worden gespecificeerd in deze periode, weten we niet zeker of hij De Nachtwacht ook behandelde, laat staan wat hij dan deed.

Op 23 mei 1715 werd de opdracht gegeven ‘omme het groote Stuk Schilderij van Rembrandts hangende op de Saal van de Colveniersdoelen schoon te maken, en als dan het zelve te Plaetsen op de Kreygsraatskamer van het Stadhuijs’. Helaas hebben we verder geen andere archiefstukken, waardoor we niet precies weten wanneer, of door wie, dit werk is uitgevoerd. Over het algemeen zat er geen lange tijd tussen een opdracht en het moment dat het werk daadwerkelijk werd uitgevoerd. Hierdoor kunnen we – met enige voorzichtigheid – aannemen dat De Nachtwacht in 1715 of kort erna is verhuisd. Wanneer we kijken naar de mensen die in die periode voor de stad Amsterdam aan schilderijen werkten, dan zijn de schilder Jan Smit (c. 1658/59–1720), en de kunsthandelaar Christiaen Rademaker (c. 1675–1727) de meest waarschijnlijke kandidaten.

Meer informatie over wat er is gebeurd met De Nachtwacht, krijgen we van schilder, connaisseur en restaurator Jan van Dijk (c. 1690–1769), die tussen 1746 en 1766 opzichter in het Stadhuis was. In 1751 en 1752 behandelde hij alle schilderijen in de Kleine Krijgsraadkamer, waaronder De Nachtwacht. In 1756 publiceerde hij een boekje getiteld Kunst en Historiekundige Beschryving en Aanmerkingen over alle de Schilderyen op het Stadhuis te Amsterdam, waarin hij het betreurde dat het schilderij kleiner was gemaakt om het tussen de twee deuren van de Kleine Krijgsraadkamer te doen passen. Aan de linkerkant waren twee hele figuren verdwenen en aan de rechterkant een deel van de tamboer. Van Dijk baseerde dit op de kopie van De Nachtwacht, toegeschreven aan Gerrit Lundens, die hij ‘het egte Model thans in handen van den Heer Boendermaker’ noemde. Hoewel we er nu niet langer aan twijfelen of De Nachtwacht inderdaad kleiner is gemaakt in het verleden, is het interessant dat tegen het einde van de negentiende eeuw een verhit debat was ontstaan over het feit of de randen van het schilderij nu wel of niet waren afgesneden. Deze discussie zou tot ver in de twintigste eeuw voortduren.